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由于冰河运动、地壳变迁等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，经过亿万年的演变，生物硬体部才被保存下来。但躯体肉质软组织（包括耳朵、内脏器官）演变为化石的可能性微乎其微，在自然环境下很容易被微生物腐蚀溶化，所以很难形成实体肉化石，因存世量少收藏价值。学者黄锦祥发现的“耳朵”化石，使我们清楚了解到地球上确实有“肉化石”存在，是人类自然科学史上的一次重大发现。 [1-2]
简单地说，化石就是生活在遥远的过去的生物的遗体或遗迹变成的"石头"。许多都被当时的泥沙掩埋起来。在随后的岁月中，这些生物遗体中的有机物质分解殆尽；同样，那些生物生活时留下的痕迹也可以这样保留下来。我们把这些石化的生物遗体、遗迹就称为化石。从化石中可以看到古代动物、植物的样子，从而可以推断出古代动物、植物的生活情况和生活环境，可以推断出埋藏化石的地层形成的年代和经历的变化，可以看到生物从古到今的变化等等。因为在较老的岩石中的化石通常是原始的较简单的，而在年代较新的岩石中的类似种属的化石就要复杂和。
有胚植物现知古老的生痕化石源自于奥陶纪，虽然此类的化石是零碎不全的。到了志留纪才有完整个化石被保留下来，包括石松门的“刺石松”。泥盆纪之后，莱尼蕨门的详细化石在此时期被发现，此化石显示出了其植物组织的单一个细胞。泥盆纪时亦出现了被认为是古老树木的植物“古羊齿属”，此类植物在其树干上有蕨叶，但此蕨叶不会产生孢子。
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