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除了植物和动物的身体化石，古生物学家还研究动物的足迹和足迹化石，甚至动物粪便化石(称为粪化石)。这些化石很有启发性，因为它们揭示了史前动物是如何运动和吃什么。
虫管化石
又称“栖管化石”。指有些环节动物栖居的虫管保存而型成的化石。环节动物门、多毛纲中的有些类别分泌钙质虫管或分泌粘液，胶结砂粒、岩碎等而成虫管。虫体多无硬体，很难保存，仅有虫管常保存为化石。虫管为中空的管状体，直线形、U字形、旋卷或其他弯曲形状，断面圆形、椭圆形、三角形或多边形，表面可具有横脊或纵脊等。通常以管的一部分或全部附着他物上，单分散保存或密集成堆，甚至成礁状。
《山海经》也有“石鱼”（即鱼化石）的记述；南朝齐梁时期陶弘景有对琥珀中古昆虫的记述；宋朝沈括对螺蚌化石和杜绾对鱼化石的起源，已有了正确认识。迄今，发现早的细菌化石为距今35亿年前的澳大利亚瓦拉翁纳群中的丝状细菌化石。
