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各门类古生物化石的具体鉴定方法不尽相同，但一般都要经过下述步骤：
①
熟悉标本外部形态和内部构造，对大化石的细微构造或微体化石，一般需要借助实体镜、显微镜或电子显微镜进行观察。有时要将化石做连续切片,以便于了解其内部构造特征;
②
利用所具有的知识并查阅有关文献,确定较大的分类阶元,一般定到科；
③
利用检索表、图版等文献资料， 将标本进一步检索到属、种；
④
选择有代表性的种群标本或典型的单个标本进行特征描记，度量各种性状要素及照相。
鉴定化石标本时，主要借助某一类别或某一地层层位中发现的化石的有关专著，并查阅专著出版后发表的有关论文。鉴定人员在进行正确、全面的资料查阅对比后，发现所要鉴定的化石与文献中所描记的某一生物化石完全相同，就可以将该化石归在同一名称之下。如果没有发现相同的特征记述，就可以这批标本为基础，建立新种、新属等新的分类，并给予适当的名称。建立新种的标本称为模式标本，据以命名一个属的种，称为模式种(或属形种、属型)。同样，还有模式属等。
现在，化石专指史前生存但被自然埋藏和保存的的残体。多年之迷希腊哲学家认为化石是十分奇怪的自然现象，就像水晶和钟石一样是在地下形成的。马丁·路德(1483/u1546)相信在山峰上发现的化石是《圣经》之血的证据。列奥纳多·达·芬奇(1452～1519)在他的笔记中写到：化石是曾经生存过得体的石化残体。他的观点在那个时代被认为是异端邪说，直到19世纪，他的笔记才被公开。
